L'île aux Aigrettes conserve le seul morceau de « forêt côtière sèche de Maurice » au monde, un type de végétation autrefois abondant. Il abrite donc un grand nombre d'espèces végétales et animales extrêmement rares ou menacées d'extinction.

Pendant plusieurs centaines d'années, la flore et la faune indigènes ont été dévastées par l'exploitation forestière et les espèces envahissantes. En ce sens, l'îlot a connu le même sort que le reste de l'île Maurice. Le Dodo et les espèces indigènes de tortues géantes ont disparu, tout comme de nombreuses espèces de plantes. [2]

Les reliques de certaines espèces ont cependant survécu et, en 1965, l'île a été déclarée réserve naturelle. D'intenses travaux ont suivi pour restaurer la végétation et les quelques espèces animales indigènes restantes. En outre, plusieurs autres espèces qui avaient disparu de l'île, mais qui avaient survécu ailleurs à Maurice, ont été réintroduites [3].

Parmi les espèces de reptiles figurent le grand scinque lent de Telfairs, plusieurs espèces de gecko diurnes richement colorés et une population de tortues géantes non indigènes d'Aldabra, amenée sur l'île aux Aigrettes pour reprendre le rôle écologique important des tortues mauriciennes disparues. Les grandes tortues mangent et répandent les graines des plantes, aidant ainsi la forêt à se régénérer naturellement [4].